主角也是一个无所事事的高中生。他的父亲是一位历史学家，但他在研究期间失踪了，留下他和继母相依为命，谁也离不开谁。暑假里，主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个指南针和三颗水晶珠，还有一封信，上面写着“时间是可逆的，历史是不可逆的”以及一些关于平行世界概念的信件，并告诉主角晚上要去当地著名的地标剑角见一个人。晚上拓也如约来到剑角，发现继母步美和父亲的研究伙伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼可亲的龙藏寺突然翻脸，让马儿交出收到的邮包，并掏出枪威胁他。就在情况万分危急的时候，一道闪电落下，击中了神社的御石，拓也晕了过去。当拓也醒来时，周围没有人，他回家睡觉后才意识到不对劲。他的继母和龙藏寺对昨晚发生的事情没有任何记忆，这时他意识到父亲送他的遗物是可以让人在平行世界自由旅行的神奇道具，于是他展开了一系列调查，以找出父亲的真正下落。

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